Wir schreiben das Jahr 2029, zwei Jahre nach den Ereignissen von Human Revolution und dem „Aug-Vorfall“ in Panchaea, bei dem Millionen Menschen durch Augmentierte getötet wurden. Als Folge dessen wurden augmentierte Menschen an den Rand der Gesellschaft gedrängt und systematisch ausgegrenzt. Die entstandene Unruhe machen sich viele Gruppierungen zu Nutze, um die öffentliche Meinung zu manipulieren und ihren eigenen Zielen entsprechend zu formen. Die Wahrheit bleibt dabei auf der Strecke.
Inmitten dieser gesellschaftlichen und politischen Spannungen, ermittelt erneut der hochgradig augmentierte Adam Jensen, nun als Undercover-Agent einer Antiterror-Einheit. Brandneue Augmentierungen erweitern dabei sein mächtiges Arsenal und geben dem Spieler noch mehr Möglichkeiten, in der Rolle von Adam neue Verschwörungen unfassbaren Ausmaßes aufzudecken.
